Nel 1991, dopo la caduta dello SFRY, la Repubblica di Croazia si rese conto della sua indipendenza e autonomia legale dello Stato. La Santa Sede ha riconosciuto la Croazia come uno dei primi paesi il 13 gennaio 1992. Successivamente, i vescovi croati hanno presentato una proposta per l'istituzione della Conferenza episcopale croata. La Santa Sede, con decreto del 15 maggio 1993, istituì l'episcopato cattolico della Repubblica di Croazia - la Conferenza episcopale croata (HBK), approvando il suo statuto. Lo statuto della HBK è stato rinnovato il 5 febbraio 2000.

La Conferenza episcopale croata è composta da 17 (oltre) diocesi, che formano quattro metropoli: Zagabria, Splitsko-Makarska, Đakovo- e Rijeka, e un'arcidiocesi indipendente: Zara e Vescovado militare.