La Chiesa cattolica in Estonia è stata organizzata come Amministrazione Apostolica nel 1924 da Papa Pio XI. Oggi è la più antica amministrazione apostolica al mondo. Il primo vescovo dell'Estonia dopo la Riforma protestante fu un gesuita tedesco, l'arcivescovo Eduard Profittlich S.J., consacrato nel 1936 e successivamente espulso in Siberia nel 1941: morì prigioniero nel febbraio 1942. Il suo processo di beatificazione è ancora in corso. Per 63 anni non ci sono stati vescovi cattolici residenti in Estonia. Attualmente esiste solo un distretto ecclesiastico che non fa parte di alcuna Conferenza episcopale.

Nel 1999 fu firmato il Concordato tra la Santa Sede e la Repubblica estone: un evento straordinario in un paese con una tradizione luterana.

Il 10 settembre 2013, la Chiesa locale ha celebrato il 20 ° anniversario della visita di San Giovanni Paolo II in Estonia (09.10.1993): un evento che ebbe una notevole risonanza nel paese in quel momento.

Nel settembre 2015 sono trascorsi 800 anni da quando l'Estonia e la Lettonia settentrionale sono state consacrate alla Vergine Maria, una delle consacrazioni più antiche di un territorio alla Madre di Dio. Nel 1215 papa Innocenzo III dichiarò al IV Concilio Lateranense che l'Estonia e la Livonia erano state consacrate alla Madre di Dio e che voleva promuovere la Terra della Madre e la Terra del Figlio - sicut terram filii, sic et terram matris. Il 6 settembre 2015, l'amministratore apostolico estone Mons. Philippe Jourdan, insieme all'arcivescovo Zbignievs Stankevics di Riga, ha rinnovato questa dedica alla Madre di Dio secondo la tradizione della Chiesa cattolica romana.