Il Segretariato del CCEE ha sede a San Gallo (Svizzera) ed è a servizio dell'Assemblea Plenaria, della Presidenza e dei Presidenti delle Commissioni del CCEE.
Il Segretariato è composto da un Segretario Generale, nominato dall’Assemblea Plenaria per un mandato quinquennale rinnovabile, un Vice Segretario Generale nominato dalla Presidenza, un incaricato stampa e da alcuni collaboratori.
Il Segretariato opera secondo le indicazioni della Presidenza e sostiene le Commissioni del CCEE nell'organizzazione delle loro attività.
